Sobepor imagens no PHP com a biblioteca GD segue o mesmo caminho do post Adicionando Texto á imagem com PHP.

Vou fazer um exemplo de marca d'agua, mais você poderá usar qualquer tipo de imagem.

Veja exemplo comentado:

<?php
// Carregar imagem já existente no servidor
$imagem = imagecreatefromjpeg( "foto.jpg" );
/* @Parametros
 * "foto.jpg" - Caminho relativo ou absoluto da imagem a ser carregada.
 */

// importa um GIF
$imagemLogo = imagecreatefromgif( "logo.gif" );
/*
 * Você poderá usar aqui qualquer funcção que retorne de imagem:
 * imagecreatefromjpeg, imagecreate, imagecreatetruecolor
 * imagecreatefromPNG não funciona direito com transparencia
 */

// Obtem a largura_nova da imagem
$larguraLogo = imagesx( $imagemLogo );

// Obtém a altura da imagem
$alturaLogo = imagesy( $imagemLogo );

// Calcula X 5px da latreral direira
$x_logo = imagesx( $imagem ) - $larguraLogo - 5;

// Calcula X 5px do rodapé
$y_logo = imagesy( $imagem ) - $alturaLogo - 5;

// Copia a logo para a imagem
imagecopymerge( $imagem, $imagemLogo, $x_logo, $y_logo, 0, 0, $larguraLogo, $alturaLogo, 100 );
/* @Parametros
 * $imagem - Imagem previamente criada Usei imagecreatefromjpeg
 * $imagemLogo - Imagem previamente criada Usei imagecreatefromgif
 * $x_logo - Posição X que a logo será posicionada
 * $y_logo - Posição y que a logo será posicionada
 * 0 - Posição X da imagem de fundo. Não alterei.
 * 0 - Posição Y da imagem de fundo. Não alterei.
 * $larguraLogo - Largura da logo
 * $alturaLogo - Altura da logo
 * 100 - transparencia da logo
 */

// Header informando que é uma imagem JPEG
header( 'Content-type: image/jpeg' );

// eEnvia a imagem para o borwser ou arquivo
imagejpeg( $imagem, NULL, 80 );
/* @Parametros
 * $imagem - Imagem previamente criada Usei imagecreatefromjpeg
 * NULL - O caminho para salvar o arquivo. 
          Se não definido ou NULL, o stream da imagem será mostrado diretamente. 
 * 80 - Qualidade da compresão da imagem.
 */

Veja o exemplo funcionando em php.eduardokraus.com/code/10027/index1.php. Estou usando minha foto do facebook.

Quer o código fonte completo deste exemplo? Clique aqui.

Ficou com dúvidas, comente abaixo.